La cuenca hidrográfica del Canal de Panamá tiene una superficie de 552,761 hectáreas, que es aproximadamente el tamaño de la provincia de Herrera. En ella se concentran los  recursos  hídricos necesarios, tanto potencialmente como en uso, para garantizar el abastecimiento de agua a la mayor parte de nuestra población y para el funcionamiento y operación del Canal.

 La responsabilidad por la administración, mantenimiento, uso y conservación de los recursos hídricos de la cuenca del Canal ha sido concedida a la Autoridad del Canal de Panamá por la constitución política de Panamá y la ley Orgánica de la Autoridad del Canal de Panamá. Esto se deriva de la importancia que tiene el agua para funcionamiento de la vía acuática. La ley también exige que la Autoridad del Canal administre el recurso hídrico para garantizar el suministro de agua a la población de Panamá y Arraiján.

 Para coordinar los esfuerzos de entidades gubernamentales y la ACP para la conservación de los recursos naturales de la región, la Ley Orgánica del Canal establece la creación de la Comisión Interinstitucional de la Cuenca Hidrográfica del Canal (CICH). Su objetivo  principal es la integración de los esfuerzos, iniciativas y recursos para la conservación y manejo de la cuenca y promover su desarrollo  sostenible. Esta comisión está integrada por la ACP, quien la preside, el Ministerio de Gobierno y justicia, el Ministerio de Desarrollo Agropecuario, el Ministerio de Vivienda, la Autoridad Nacional del

Ambiente, la Autoridad de la Región Interoceánica, la Fundación NATURA y Cáritas Arquidiocesana

 La riqueza ecológica de la cuenca hidrográfica del Canal constituye parte importante de su conservación. En ella habitan unas 70 especies de anfibios, unas 112 especies de reptiles y alrededor de 546 especies de aves, entre las que se destacan el tucán y el águila arpía. También posee más de mil cien especies de árboles.